L'histoire de la revanche des Sith, bien sur, apres la sortie, elle n'est pas totalement réelle....
Le texte d'ouverture nous informe que la Guerre des Clones entre la République Galactique et la Confédération des Systèmes Indépendants n'est pas encore terminée. Palpatine, le Chancelier Suprême de la République, a été enlevé par la Confédération.
Une grande bataille fait rage au dessus de Coruscant entre les forces de la République et celles des Séparatistes; le Général Obi-Wan Kenobi, promu au titre de Maître Jedi, son apprenti Anakin Skywalker, maintenant un Chevalier Jedi, et quelques autres Jedi mènent un groupe de pilotes clones dans la bataille. Les Jedi pilotent de nouveaux Jedi Starfighter qui ont été équipés avec des armes de guerre.
Alors que la bataille prend des proportions épiques, Obi-Wan et Anakin essaient de secourir le Chancelier Palpatine, qui est retenu en otage sur le plus grand et le plus défendu des vaisseaux Séparatistes. Les deux Jedi réussissent à poser leurs vaisseaux à l'intérieur de la baie d'atterrissage du vaisseau de la Fédération du Commerce, où ils sont rapidement attaqués par le Général Grevious, le commandant Cyborg des armées de droides, et par plusieurs de ses unités. Les Jedi s'échappent par les conduits d'aération, prennent ensuite un ascenseur et se retrouvent face à face avec le Comte Dooku, le leader des Séparatistes.
S'ensuit alors un combat au sabre laser auquel Grevious se joindra, puisqu'il a réussi à ramasser les sabres lasers des Jedi qui sont tombés au combat et les utilisera. Grevious parvient à blesser Obi-Wan, mais s'échappe du vaisseau rapidement après, car le vaisseau est grandement endommagé par la bataille qui se déroule à l'extérieur et il menace de s'envoler en morceaux. Pendant ce temps, Anakin se bat contre Dooku, pendant que Palpatine, lié à sa chaise, regarde et commente le duel. Anakin, parvient à couper un (ou deux) bras à Dooku, après quoi il lui laisse une chance d'implorer sa pitié. Enfin, il lui coupe la tête. Sur le pont, Anakin essaie de maîtriser le vaisseau, sur le point de s'écraser sur la surface de Coruscant. Il en reprend partiellement le contrôle et réussi à le faire atterrir sans trop de dégats. Des vaisseaux de Coruscant viennent ensuite éteindre les feux qui ravagent le vaisseau.
Le Chancelier est en sécurité, les Séparatistes sans chef : Anakin et Obi-Wan sont acclamés comme héros de guerre. Palpatine, entouré de son conseiller Mas Amedda et de ses gardes royaux, est transporté à l'édifice du Sénat à l'aide d'un grand vaisseau. Une fois sur place, Palpatine sort de son vaisseau et est attendu par plusieurs politiciens et Jedi à l'extérieur du complexe du Sénat.
Le Chancelier Palpatine et son groupe de Sénateurs entrent à l'intérieur du Sénat où la Sénatrice Amidala les rejoint. Elle porte de gros costumes pour essayer de cacher qu'elle est enceinte ; personne ne sait qu'elle est mariée avec Anakin, car le Code Jedi l'interdit.
Palpatine parlera ensuite au Sénat qui est réuni, leur expliquant que les Séparatistes sont maintenant sans chef et en pleine retraite; une opportunité dont les forces de la République doivent tirer avantage sans perde de temps s'ils veulent vaincre les Séparatistes. Les Séparatistes en déroute doivent être détruits sous le commandement des Jedi.
Le conseil Jedi décide alors d'envoyer Obi-Wan pour traquer le Général Grevious, laissant Anakin sans assignement. La fierté d'Anakin en est grandement éprouvée, ayant tué Dooku et sauvé le Chancelier Suprême tout seul. Palpatine, bien au courrant de cela, utilise cette opportunité pour demander Anakin comme garde du corps personnel, une tache à laquelle Anakin rève depuis longtemps ; le Chancelier Suprême ayant soutenu Anakin durant plusieurs années déjà.
Anakin et Padmé se revoient finalement quand ils se rencontrent dans les appartements de Padmé et ils partagent quelques moments ensemble. Padmé enlèvera le chandail d'Anakin, et nous verrons que sa face et son corps portent plusieurs marques de la guerre.
Alors qu'Anakin s'en va rejoindre le Chancelier Palpatine, Bail Organa, le Sénateur et le vice-roi d'Alderaan, tiennent une assemblée du comité de Loyalistes dans les appartements de Padmé. Les Loyalistes se souviennent de la promesse de Palpatine de se défaire de ses pouvoirs d'urgence une fois que la guerre sera terminée, et ils croient que le temps en est maintenant venu.
Au même moment, les Jedi et les clones chassent les dernières forces Séparatistes et les forcent à se sauver partout à travers la galaxie. Yoda dirige les troupes dans la bataille de Kashyyyk, une planète moderne de forets habitée par les Wookies.
Sur Coruscant, le Maître Jedi Mace Windu découvre finalement (pour une raison encore inconnue) le petit secret de Palpatine. Il se rend au bureau de Palpatine pour l'affronter, mais Anakin est aussi présent. Palpatine lance des éclairs à Mace, qui les fait dévier avec son sabre laser (Nous n'avons encore aucune information si Palpatine a un sabre laser ou non). Anakin a donc une décision à prendre, aider le Jedi ou la personne à laquelle il a été assigné de protéger. Palpatine commence alors a parler de la corruption des Jedi, qu'ils ont toujours empêché Anakin de développer son potentiel (Palpatine essayera même de rejeter la faute aux Jedi concernant le fait qu'Anakin n'ait pas été capable de secourir sa mère à temps). Anakin décide alors de se ranger aux cotés de Palpatine et tue Mace avec son sabre laser (nous ne savons pas s'il fait un duel avec Mace ou s'il frappe Mace de dos, lui ayant donné l'impression de vouloir l'aider).
Après le duel, Palpatine révèle sa vraie nature à Anakin et fait comprendre à Anakin qu'il ne peut atteindre sa pleine capacité que par le coté obscur de la Force. Le meurtre d'Anakin et sa trahison à l'ordre Jedi concluent maintenant sa descente vers le coté obscur.
Au même moment, Obi-Wan et ses troupes ont réussi à retrouver le Général Grevious sur une nouvelle planète. Ils sont attaqués par les troupes de Grevious (qui possèdent des armes qui sont immunisées contre les tirs lasers) sur un grand et large précipice. S'en suit une longue chasse avec Obi-Wan, conduit par un genre de lézard, et le Général Grevious sur un droide. Obi-Wan et Grevious se battront ensuite dans un duel aux sabres lasers, mais Grevious divisera ensuite ses bras en deux, pour être en mesure de manier 4 sabres lasers. Obi-Wan réussira, ironiquement, a tuer Grevious avec un tir de laser.
Dans la session du Sénat qui s'ensuit, le Comité de Loyalistes demande à Palpatine de rendre ses pouvoirs d'urgence maintenant que la guerre est presque terminée. À la surprise de plusieurs Sénateurs, Palpatine refuse. Il affirme qu'une nouvelle menace pèse sur la République, les traîtres Jedi. Le chef Séparatiste était un ancien Jedi qui a toujours été un ennemi de la République. Les guerres, les millions de morts et l'extermination de plusieurs cultures – Palpatine met tout cela sur la faute des Jedi et pour convaincre les Sénateurs , il leur fait part de la tentative d'assassinat contre lui fait par un haut membre du Conseil Jedi, qui a seulement pu être empêché par son garde du corps, Anakin. Palpatine garde donc ses pouvoirs dictatoriaux et proclame l'Empire Galactique. Il commande aussi aux forces de la République de traquer et d'assassiner tous les Jedi.
Les membres du Comité de Loyalistes se rencontrent donc entre eux. Padmé Amidala, Bail Organa et Mon Mothma (Sénatrice de Chandrila) pensent que les derniers évènements sont graves et très suspects, et commencent à énumérer les premières pensées de l'Alliance Rebelle. Mais ils décident d'attendre et de voir avant d'agir.
Peu de temps après, Bail Organa est attaqué par des ennemis inconnus (une mission secrète de Palpatine pour éliminer ce qui reste de l'opposition politique ?) Il réussi à s'enfuir jusqu'à une piste d'atterrissage où son speeder rouge est stationné, se cache derrière lui pour éviter les tirs de laser et s'échappe finalement dans le ciel de Coruscant.
Les membres du Comité de Loyalistes réalisent alors qu'ils sont en danger et décident de quitter Coruscant pour leur sécurité. Padmé retourne sur sa planète natale de Naboo, et la naissance de Luke et Leia est proche (Anakin croit qu'elle attend seulement un enfant, mais on ne sait pas si Padmé sait qu'elle attend des jumeaux).
À ce point, les Clones reçoivent l'ordre de Coruscant de se retourner contre leurs commandants Jedi et Obi-Wan est rapidement attaqué (peu de temps après avoir tué Grevious) , et tentant de s'échapper, il est obligé d'assassiner un clone auquel il avait donné des ordres plus tôt. On voit plusieurs Généraux Jedi se faire tirer dessus par les Clones sur plusieurs planètes, leur laissant peu de chance pour s'échapper. Une de ces planètes est Kashyyyk, où Yoda et quelques autres Jedi sont aidés par des Wookies (Chewbacca est parmi eux) contre l'assaut des Clones.
Obi-Wan se sauve sur une nouvelle planète habité par une nouvelle race d'extra-terrestre. Le dirigeant de cette nouvelle race, joué par Bruce Spence, accueille Obi-Wan à son arrivé et lui promet de l'aider. Lorsque Obi-Wan apprend la trahison d'Anakin, il repart vers Naboo.
Sur Coruscant, Palpatine donne la mission à Anakin d'aller sur la planète Mustafar, où les derniers dirigeants Séparatistes sont rassemblés.
A son arrivé sur Naboo, Obi-Wan essaie de localiser Padmé. Il la retrouve finalement à sa villa, où Amidala lui révèle finalement qu'elle est enceinte. Ils apprennent ensuite la mission d'Anakin et se dirigent sans perdre de temps sur Mustafar.
Quand ils arrivent sur la planète, Anakin a déjà tué les derniers Séparatistes. Pour une raison encore inconnue, Anakin étrangle Padmé avec la Force (sans avoir l'intention de la tuer) et la met hors de son chemin. Obi-Wan allume alors son sabre laser et le GRAND DUEL entre les deux commence. Le duel se déroule dans plusieurs décors différents, à l'intérieur et a l'extérieur d'une salle mécanique. Ils s'accrochent aux câbles et à d'autres choses jusqu'à se qu'ils arrivent à un cratère d'un volcan où Anakin tombera, victime d'une chute : Obi-Wan réussira à le blesser sérieusement à la jambe. Anakin tombera dans la lave, mais sera rapidement secouru après, très blessé.
Obi-Wan prendre ensuite Padmé, qui est sévèrement touchée, et l'amènera à Bail Organa sur Alderaan (une autre possibilité est qu'Obi-Wan, avec Padmé, trouvent refuge sur la planète du personnage de Bruce Spence). Dans une clinique médicale, les jumeaux sont retirés de Padmé, dans le but de les sauver avant que Padmé ne meurt. Peu de temps après la naissance forcée, Padmé meurt de ses blessures.
Anakin sera recouvert de pièce mécanique pour lui permettre de rester en vie. Il a perdu une jambe et son corps est gravement brûlé presque partout. Quand il se réveille, il se fait dire qu'il est responsable de la mort de Padmé. Furieux, Anakin démolit la salle entière où il est. Palpatine lui donne alors son nouveau nom, Dark Vador, qui sera a partir de ce moment son nouvel apprenti.
Le corps de Padmé est enterré, plusieurs de ses dames de compagnie et même Sio Bibble, le Gouverneur de Naboo, seront présent (nous n'avons pas d'indication sur le lieu où cela se déroulera).
Après avoir consulté Yoda, Obi-Wan désire prendre les jumeaux et les mettre en sécurité sur Tatooine, pour être élevés par le demi frère d'Anakin, Owen, et sa femme, Beru. Bail Organa vole donc vers Tatooine avec son Tantive IV, avec Obi-Wan et les jumeaux. Le vaisseau est attaqué et arrêté par des vaisseaux de contrôle Impériaux. Obi-Wan décide alors de prendre Luke et de s'enfuir sur Tatooine à bord d'une capsule de secours, alors que Bail garde Leia (la raison de la séparation est inconnue) et la prend comme sa propre fille.
Sur Tatooine, Obi-Wan demande aux Lars de prendre Luke et de l'élever comme un membre de leur famille. Il leur dit qu'Anakin est mort dans la Guerre des Clones. Owen blâme Obi-Wan pour le sort horrible qu'Anakin a subi, lui disant qu'il n'aurait jamais dû le faire partir de Tatooine. Mais, Owen et Beru acceptent tout de même de prendre Luke, mais ne veulent plus revoir Obi-Wan. Obi-Wan décide alors de s'appeler Ben, s'installe dans une petite hutte dans le désert, pour garder un 1/2il sur Luke, espérant qu'il sera leur prochain espoir.
Les derniers Jedi se cachent à travers la galaxie, et Yoda se rendra sur Dagobah.
Dans la séquence finale, l'Empereur Palpatine et Darth Vader se tiendront sur le pont d'un Croiseur Interstellaire, se préparant à voyager à travers la galaxie dans le but de traquer les derniers Jedi toujours en vie